Молекулярна дестилацияе специална технология за разделяне течност-течност, която е различна от традиционната дестилация, която разчита на принципа на разделяне на разликата в точката на кипене. Това е процес на дестилация и пречистване на чувствителен към топлина материал или материал с висока точка на кипене, като се използва разликата в свободния път на движение на молекулите при висок вакуум. Използва се главно в химическата, фармацевтичната, нефтохимическата, подправките, пластмасите и петрола и други промишлени области.
Материалът се прехвърля от захранващия съд към главния дестилационен изпарител с кожух. Чрез въртене на ротора и непрекъснато нагряване, течността от материала се изстъргва в изключително тънък, турбулентен течен филм и се избутва надолу в спираловидна форма. В процеса на спускане по-лекият материал (с ниска точка на кипене) в течността на материала започва да се изпарява, да се придвижва към вътрешния кондензатор и да се превръща в течност, която тече надолу към колбата за приемане на леката фаза. По-тежките материали (като хлорофил, соли, захари, восък и т.н.) не се изпаряват, вместо това протичат по вътрешната стена на главния изпарител в колбата за приемане на тежка фаза.